Ústrojím sluchu a současně i rovnováhy je vnitřní ucho. Je to párový orgán uložený v lebce po stranách zadního mozku. Skládá se z bludiště, rozděleného do tří váčků, a z trojice k sobě kolmých chodbiček. Na výstelce váčků spočívají kamenky (otolity). Prostor vnitřního ucha je vyplněn sklovitou kapalinou, která přenáší tlak otolitů, jakožto čidel zvuku i změn pohybu ryby. Otolity jsou složeny z uhličitanu vápenatého, porcelánově bílé a průsvitné, s dobře patrnými přírůstkovými vrstvami. Jsou tři: protáhlý šíp, hvězdička a kamének. Podle největšího šípu snadno určíme věk ryby, protože střídání širších, letních, přírůstkových vrstev s užšími, zimními, vrstvami je dobře čitelné. Vnitřnímu uchu ryby nepředchází vnější zvukovod, takže zvukové vlny šířené vodou pronikají dovnitř lebeční kosti. Do mozku je zvuk přenášen chvěním otolitů, veden ve formě nervového vzruchu sluchovým nervem, zasahujícím do chodbiček. Když se ryba vychýlí ze základní polohy, uplatňují se otolity jako čidla rovnováhy. Změnou tlaku na citlivou výstelku váčku a na nervová zakončení vyvolají reakci, která rybu přiměje k zaujetí rovnovážné polohy. Ryby ovšem slyší a reagují hlavně na zvuky s vyšším kmitočtem, které jsou nepostižitelné lidským uchem. Hlubší zvuky spíše vnímají postranní čarou. Na udržování rovnováhy se podílí i plynový měchýř ryb, uložený pod páteří a ledvinami. Bývá jednoduchý a silně protáhlý. U kaprovitých ryb je dvoudílný, volně uložený a na přední válcovité části spojený s bludištěm vnitřního ucha. Z našich ryb nemá plynový měchýř vranka. Plynový měchýř upravuje volnou hmotnost rybího těla tím, že vyrovnává tlak své náplně s vnějším tlakem vody. Tím rybám umožňuje udržovat se bez potíží v libovolné hloubce. Ryby s dvoudílným plynovým měchýřem mohou zaujmout polohu šikmo dolů nebo nahoru tím, že tlak v zadní komoře se zvýší, v přední sníží a naopak.
Souvisí s činností srdce, které pracuje jako jednoduchá pumpa a vhání odkysličenou krev do žaber. Rybí srdce se nachází dole za hlavou, pod žábrami. Srdce ryb je nápadně malé a má jen jednu komoru a jednu předsíň. Jeho hmotnost je 0,5 až 1% z celkové hmotnosti ryby. To je dáno malým množstvím obíhající krve, které odpovídá asi jedné padesátině hmotnosti ryby. Zrychlování nebo zpomalování srdečních tepů řídí bloudivý nerv. Srdeční tep u ryb závisí hlavně na teplotě vody a je obvykle v souladu s počtem dechů. Závisí také na tom, zda ryba odpočívá nebo je v pohybu. Rybí krev se od lidské liší tím, že její červené krvinky mají jádro. Vynikají rychlejší srážlivostí, což zaručuje, že ani těžce poraněná ryba nevykrvácí .Rybí krev je jen o zlomek teplejší než voda ve které žije. Ryby totiž patří k živočichům s proměnlivou teplotou krve, závislou na teplotě vnějšího prostředí, které je obklopuje.
Nervová soustava ryb má své ústředí v jednoduše vybaveném mozku a v míše. Mozek je nápadně malý a jeho hmotnost tvoří pouhou tisícinu hmotnosti těla. Je protáhlý a podélně rozčleněný v části odpovídající mozku vyšších obratlovců. Jeho některé oddíly s prodlouženou míchou jsou sídly rybích smyslů. Mícha, objemem i hmotností převyšující mozek, vede horním páteřním kanálkem až na konec těla ryby. Vybíhá z ní tolik párů nervů, kolik má páteř obratlů. Vodivost rybích nervů závisí na teplotě vody; při klesání teploty vody se zpomaluje. Ústrědní nervová soustava je ovlivňována hormony vylučovanými žlázami s vnitřní sekrecí, jako jsou nadledvinky, pankreas, štítná žláza, hypofýza a další. Tím se vytváří neurohormonální systém, který reaguje na vnější podmínky a upravuje souhru všech dějů v organizmu. Udržuje životní pohodu ryb.
Nachází se na bocích ryb a smyslové kanálky na hlavě jsou pozoruhodným ústrojím, kterým ryby vnímají tlak vody, směr, proudění i vlnění, blízkost potravy a překážky, na které voda naráží a kterým se ryby za tmy a v kalné vodě vyhnou. Postranní čára umožňuje život i osleplým rybám. Slouží tedy jako radar, ohlašující nebezpečí.
Je v čichových jamkách umístěných mezi tlamou a očima. Každá jamka je kožní řasou rozdělena na dvě poloviny. Stahováním a povolováním svalů nasávají přední otvory vodu a zadní polovinou odtéká voda zase z jamky ven. Čichový ústroj není spojen s dutinou ústní. Ryby např. mohou cítit potravu na dálku, ale musejí se jí dotknout, aby jí ochutnaly.
Má čivné buňky umístěné na vouscích a pyscích ryb, v dutině ústní na patře. Vousky ryb mají za úkol ochutnávat a ohmatávat. Kapr, ale i jiné druhy ryb mají chuťové buňky i kdekoliv na těle v kůži.
Tvoří hmatové buňky (pupeny), které zachycují hmatové vjemy a jsou u ryb různě rozloženy – po těle, na ploutvích, na hlavě, vouscích a pyscích.
Některým jeskynním rybám oči zakrněly. Rybí oko nemá víčka ani slzné žlázy. Oči jsou tak omývány a čištěny vodou. Jinak rybí oko odpovídá stavbou očím vyšších obratlovců. Podstatný rozdíl je ve tvaru čočky, která je kulovitá a ve způsobu zaostřování oka na potřebnou vzdálenost. To se děje změnou vzdálenosti čočky od sítnice, ne změnou jejího tvaru čili akomodací, běžnou třeba u člověka. Rybí oko je spíše uzpůsobeno k vidění na blízko. Zorný úhel při výhledu z vody je 98 stupňů, ryba prakticky vidí všude kolem sebe a na všechny strany. Ryby rozeznávají velikost, tvar i barvu předmětů, což potvrzují zkušenosti rybářů, především muškařů. Ryby vidí i za tmy, kdy jsou zrakové vjemy doplňovány signály zprostředkovanými boční čárou.
Tvoří je červeně zbarvené žábry. Výměna plynů (kysl.uhličitého za kyslík) se děje na dýchacích řasách žaberních lístků, které jsou protkány množstvím vlásečnic. Krev odevzdává vodě kysl.uhličitý a přijímá z ní kyslík. V dýchací sliznici (epitelu) lístků jsou také rozmístěny hlenové buňky, které vylučovaným výměskem chrání jemné tkáně žaber před kalem a cizopasníky. Ryby mají schopnost zbavit se poškozených žaberních lístků a nahradit je novými. Některé ryby (mřenky, sekavci a další) načerpávají tlamkou vzduch u hladiny, který pak polykají. Takto využívají kyslíku v zadní části střeva. Pomocné střevní dýchání umožňuje těmto rybkám žít ve vodách velmi chudých na kyslík.
Zažívací ústrojí začíná dutinou ústní. Dravé ryby se vyznačují velkou, hluboko rozštěpenou a ozubenou tlamou. Nedravé ryby mají tlamu malou, obvykle s masitými pysky. Jazyk nahrazuje jazyková kost krytá měkkou svalovinou. Zuby ryb nemají kořeny a jsou zakotveny ve sliznici nebo přirostlé na kostech. K obnově zubů dochází po celý život tak, že nové zuby vytlačují zuby starší a opotřebované. Zuby ryb slouží k zachycení kořisti. Nedravé ryby nemají vyvinut žaludek a jeho činnost přijímá přední část střeva. Jícen a žaludek dravých ryb je silně svalnatý a roztažitelný. Trávením se potrava rozkládá v jednoduché látky, schopné se vstřebat stěnou žaludku a střeva do krve.Tím je přiváděna energie k pohybu i růstu ryb a v období hojnosti potravy i k tvorbě zásobních látek. Žaludek dravých ryb je vakovitý. K trávicímu ústrojí patří játra se žlučníkem a slinivka břišní. Játra dravých ryb mají přesně ohraničený tvar, u nedravých ryb obrůstají střevní kličky. Játry prochází krev bohatá na živiny uvolněné v procesu trávení a je v nich zbavována škodlivých látek. Játra vylučují žluč, která rozptyluje tuky, aby byly stravitelnější a dále se zde ukládají zásobní látky důležité pro přezimování ryb. Žlučník, jako zásobárna žluče je váčkovitý a nápadně zelený.
Základním orgánem vylučovací soustavy jsou ledviny, ve kterých se tvoří moč obsahující odpadní látky. Moč odvádějí z těla močovody. Nestravitelné tuhé zbytky potravy jsou peristaltickými pohyby posouvány směrem k řitnímu otvoru a vyváděny mimo tělo ryby. Ledviny jsou párový orgán přiléhající k páteři, nápadně tmavě červené barvy. Temnou červení se prozrazuje i slezina, která je u dravých ryb zřetelně ohraničena,u nedravých podobně rozptýlena jako játra. Je to krvetvorný orgán, který se vlastního trávení nezúčastňuje.
Tvoří párové pohlavní žlázy, vaječníky samic obsahují jikry a varlata samců mlíčí, které se táhnou z obou stran podél zažívací trubice a jsou upevněny v břišní dutině pobřišnicovými vlákny. Někdy jsou párové pohlavní žlázy sloučeny v jednu žlázu.
Pro bližsší a podrobnější poznání anatomie a fyziologie ryb doporučujeme například knihu Anatomie a fyziologie ryb, Dvořák, P., Pyszko, M., Velíšek, J., Dvořáková Líšková, Z., Andreji, J., 2014. Anatomie a fyziologie ryb. FROV JU, Vodňany, 189 s.